In december 1978 komt Assisië negatief in het nieuws. Dokter Huismans en broeder Dionysius doen omstreden schedelmetingen. Ook opereert dokter Huismans een jongen aan zijn buik. Als missiedokter in Afrika is hij gewend operaties uit te voeren, maar in Nederland gelden andere regels. Het nieuws kwam naar buiten. Het was schokkend nieuws. In het denken van 1978 was er al een flinke tweestrijd tussen medici en gedragsdeskundigen over het functioneren van mensen met een verstandelijke handicap. Dokter Huismans en broeder Dionysius verzetten zich tegen de opkomende invloed van gedragsdeskundigen. Zij wilden een overtuigend bewijs leveren voor de biologische invloed op mensen met een verstandelijke handicap. Toen de berichten over schedelmetingen in de krant verschenen, vielen overal in het land de monden open van verbazing. Ouders van Assisië-bewoners schrokken zich rot. Deskundigen verdrongen zich in de media om te melden dat in de medische wetenschap deze waanideeën al in het begin van de twintigste eeuw verlaten waren. Tot in de Tweede Kamer worden er vragen over Assisië gesteld. Na het onderzoek door de Inspectie voor de Volksgezondheid verdwijnt broeder Dionysius en gaat dokter Van Dongen, de geneesheer-directeur, met pensioen. Dokter Huismans krijgt een maximale boete van 10.000 gulden. Vanaf dan worden medici niet meer aangesteld als directeur. Dokter Van Dongen werd als directeur opgevolgd door de niet-medicus Frans Schooltink.
Bart van Doveren blikte op het gebeuren terug in het boek “Veertig jaar vooruit” (2015): De affaire Huismans zorgde voor een grote ommekeer binnen Huize Assisië. De vreedzame co-existentie tussen het oude regime en flarden van modern denken, het typisch Brabantse mengsel van leven en laten leven, waardoor niemand kritische opmerkingen had geplaatst bij het schedelonderzoek van Huismans, was ruw verstoord. De luiken moesten open. Huize Assisië had modern beleid nodig. Het was het begin van een andere omgang met ouders, het begin van echte ouderparticipatie. Zo trok de geest van het nieuwe denken definitief het terrein binnen. Dat was een andere manier van denken over geestelijke stoornissen, over psychiatrische inrichtingen, over zwakzinnigenzorg, met meer aandacht voor de mensen die het betrof. Elders in het land had zich deze manier van denken vanuit de antipsychiatrie en door de aanstelling van moderne gedragswetenschappers al ruim verspreid over de geestelijke gezondheidszorg. Maar Huize Assisië had dit nieuwe denken nog niet echt bereikt. Dat veranderde na 1978.